El edificio que alberga al Museo fue construido con hierro, tabique prensado y cristal, es de estilo Art Nouveau y llegó a México procedente de Alemania para ser armado entre 1903 y 1905; sus torres inconfundibles son hoy el emblema de este recinto que también cuenta con inmensos vitrales que dotan de luz natural a sus tres naves. Es por ello que durante décadas, fuera popularmente conocido como Palacio de Cristal.
En 1973 la Universidad Nacional Autónoma de México promueve su rescate después de nueve años de abandono, lo restaura para convertirlo en un centro de difusión del arte y la cultura universitaria, nace así, en 1975 el Museo Universitario del Chopo.