La colección permanente cuenta con objetos en las siguientes áreas: época prehispánica, época colonial (siglos XVI al XVIII), siglo XIX y siglo XX.
El museo cuenta además, con las exposiciones temporales, programas educativos para niños con una sala especial sobre el cauce del agua en el valle de México, la tienda de Calimaya, visitas guiadas por el Centro Histórico, Sociedad de Amigos y un patronato.